日本語學校以高中畢業或完成12年正式教育者為招收對象，開設各種日本語課程，一般的日本語課程、以升學為目的之「進學日本語課程」都有。課程長度較具彈性，除定期開設的1年至2年課程外，也有部分學校提供數個月的短期課程。上課時數亦不等，有全天和半天上課兩種類型。
日本語學校的申請期間入學機會也有不同，有的學校一年有2次的入學機會，即4月和10月；有的學校一年有4次入學機會，即1月、4月、7月、10月。
大學留學生別科在法律上是作為大學教育的一環而實施的正規教育課程，屬於大學編制，持「留學」簽證，學習期限一年。大學別科主要是為希望進入該大學或其他大學的外國留學生，因日語水準達不到入學要求而設立的日語研修課程。留學生通過一年的日語強化學習，在經驗豐富的老師指導下，具備能夠和日本學生交談，能和日本學生一樣地在大學課堂上聽懂講課並具有寫作文、整理報告、寫論文的能力。除日語課外，選修科目中設有日本文學史、日本文化研究和日本事務等課程。有的大學並針對留學生的升學目標而開設英文和文理科目的輔導課程，每星期一至五全天授課。 在大學別科學習的學生，可以和本大學本科生一樣利用大學的圖書館、電腦、視聽覺機器設備。有的大學並開放在別科學習日語的留學生（日語程度必須有足夠水準），以旁聽生資格與經濟學部、法學部、文學部等大學本科學生同教室一起上課。絕大部分大學對別科畢業生都設有推薦入學制度，而具有大學本科和大專學歷者，也可插班到同專業的大學二年級或三年級就讀。當然，有的大學雖有推薦制度，但還需要經過一定的考試後才能進入該大學學習。
高等專門學校以招收初中畢業生為對象，提供五年課程，目的在培養能夠適應科學技術發展的技術人員。大部分的高等專門學校提供主要與工業有關的各科目，此外有商船務的高等專門學校。完成五年課程，學生便可獲得認可文憑。 專門學校提供專門及訓練教育，規劃一至三年課程 (一般為二年)，學生習得的技術及知識，都是未來工作所需的。專門學校可以分為以下三類： 1. 高中課程：入學資格為初中畢業，修習三年課程者，可有大學或短期大學的入學資格。 2. 高等課程：入學資格是高中畢業，修習一至三年課程，畢業生可獲大學學分豁免。 3. 普通課程：無特定入學資格。
短期大學相當於我國的二專或三專，其目的在傳授和研究專門的學術技藝，培養職業或實際生活所必須的能力。短期大學招收高中畢業生，學習年期為兩年，護士學位則需要三年，完成短期大學課程，可獲取準大學士證書。 就讀短期大學的學生中，女性占90%左右是其特色。短期大學在為女子開放高等教育大門和發展職業教育方面具有重大功能，且與地區的關係也比較密切。
短期大學給人「新娘學校」的印象，學生主要是以「結婚後擔任家庭主婦」為前提的女性。短期大學為這些學生傳授比高中所學更專業的學問，主要教授與家事有深厚關係的看護、營養學、家政學等各種學科。近年來，短期大學也開始設置一些與專門學校相同的其他各類課程。
大學是高等教育的主要機構，其目的是以學術為中心。入讀日本大學必須先完成12年的中、小學教育，通常為4年制(醫科、牙科、獸醫為6年)。 自1979年起，日本大學招生制度分全國共同第一次學力考試、和各大學自行實施的兩階段考試。 1. 大學入試中心測驗 主要是考核學生對高中階段所學的基礎知識和基本內容的掌握程度，在各學科必修課程範圍內，由大學入學考試中心統一命題。考生不必一律考五科，可依個別需求，即使只考亦一科亦可，而作為選拔的學科及其配分，可由各大學自由決定。私立大學參加的日益增多。 2. 大學第二次考試 第二次考試由各大學實施，考試內容及方式由其自行決定，除了筆試，其他包括面試、小論文、實際檢定、聽力等，以及對特殊對象如歸國子女、社會人等對象實施的特殊選拔，以及推薦入學方式等。近年來，國立大學方面除大學入試中心測驗之外，不再做學力測驗（第二次筆試），而以面試及小論文方式替代的日漸增加。
近年來有越來越多的韓國高中生選擇到日本就讀大學、並在大學畢業後在日本企業就職發展。日本的企業不但對於新進員工提供相當扎實的訓練，起薪也是將近台灣的2倍；因此，到日本就讀大學並在日本就職，也可說是不錯的選擇。但若之後要回到台灣工作的話，除了日語之外，也需要一定程度的中文能力與基本常識；因此，JPTIP建議：有志到日本就讀大學的學生，仍須具備與台灣的大學畢業生相同程度的中文及專業能力，才有足夠的競爭力。
大學院是培養碩士和博士的場所。大學是否設大學院被認為是決定大學水準和規格的標準，所以設大學院的大學不斷增加。 1. 修士課程 修士學位課程，入學資格是大學畢業，修讀為期二年、三十學分以上課程，經論文審查和考試合格後，授予碩士學位。 2. 博士課程 博士學位課程年限為五年，分前期二年，後期三年，入學資格與碩士一般。日本的博士學位分兩種，一種是論文博士，另一種是課程博士，兩種學位元取得的程式迥異，要求的水準也不一；論文博士重視當事人的學術成就，課程博士注重當事人的學術訓練。
日本大學院作為「研究者養成機構」的色彩強烈，因此日本人在大學畢業後繼續攻讀大學院的比率並不高。以文科系而言，除了以成為大學教授為目標而繼續升學的人之外，大部分的學生在畢業後都選擇直接就職，大學院學歷在日本對於就職並無特別的幫助；但以理科系而言，大學院學歷仍有所幫助。如果是希望在畢業過後繼續留在日本工作一段時間的話，未必要選擇大學院；一併考慮其他學校，也未嘗不可。 日本大學院有許多種類，除了地方上獎學金制度完備的大學院，亦有低廉學費的國、公立大學院、學費高昂的私立大學院等各種不同的多元選擇。一般而言，要進入有名的大學比較困難，但若欲攻讀的大學院課程是學校新開設的，那麼要考進去相對來說就變得較為容易。因此，依循自己的目標與未來規劃，在事前多花些時間去了解與選擇學校，是相當重要的。一般大學院當中日本學生較少，且多數為甫自大學畢業之學生；若選擇攻讀MBA課程，則有比較多機會與30-40歲的日本社會人士一同讀書研究。
